Pedro de Valdivia llega en 1541 al Valle del Mapocho, comenzando a repartir las tierras del valle de Santiago a los colaboradores de la Conquista. Creó encomiendas en Apoquindo (Inés de Suárez), Tobalaba (Juan Fernández de Alderete y Jerónimo de Alderete), Macul y Ñuñoa (Juan Jufré y Loaysa).
Juan Jufré fue alcalde de Santiago, alférez real, representante de la Real Audiencia, navegante, gobernador de Cuyo y fundador de San Juan de la Frontera, y primer visitante del Archipiélago de Nueva Zelanda y Australia. con el paso del tiempo, las tierras de Ñuñoa se convierten en chacras y no estancias que fueron paulatinamente abandonadas.
Hacia 1603, la Mensura General que va a realizar Ginés de Lillo, muestra que los terrenos de Ñuñoa habían sido ocupados por pobladores, cercando el camino, que paso a denominarse Camino de Ñuñoa (actualmente Avda. Irarrázaval). En 1585 se establece un cura doctrinero.
El pago de Ñuñoa se transforma en lugar de industria (carretas), agricultura (chacras) y evangelización. Iba desde la precordillera hasta los límites de la ciudad de Santiago (Camino de Cintura, hoy Avda. Vicuña Mackenna) y desde el río Mapocho hasta el río Maipo.
Los pueblos de indios ya habían desaparecido debido al proceso evangelizador y la occidentalización.
Los pueblos de indios ya habían desaparecido debido al proceso evangelizador y la occidentalización.
En 1603, se realizó la mensura en Ñuñoa por Ginés de Lillo. Se realiza la construcción de una acequia para proveer de agua potable a la capital del Reyno desde Tobalaba hasta la Cajita de Agua (actual plaza Baquedano) y desde ahí hasta la Plaza de Armas.
En 1662, el Obispo Diego de Huamanzoro crea la Parroquia de Ñuñoa de la Virgen del Carmen. Ya no es un territorio donde solo hay un cura doctrinero, sino que se transforma en parte de la Iglesia de Santiago (desde el Cerro San Cristóbal, hasta Manquehue y de ahí hasta donde termina la cordillera de Los Andes, al sur hasta el río Maipo y de Calera de Tango). El primer párroco fue Luis Jufré, descendiente de Juan Jufré de Loaysa.
Durante el siglo XVIII, el pago de Ñuñoa se transforma en lugar de agricultura e industria. Se comienza a urbanizar paulatinamente, además de ser un lugar donde conviven armónicamente diversas etnias indígenas, negros esclavos, blancos, españoles y criollos.
El Camino de Ñuñoa se transforma en el camino principal hacia el oriente de la ciudad. Partía desde la calle de La Ollería (Avda. Portugal), seguía por Diez de Julio, Irarrázaval, hasta avenida Ossa, de ahí seguía el deslinde del Canal San Carlos.
En 1726, el gobernador Cano de Aponte ordena con obligatoriedad la construcción de un canal desde el río Maipo hasta Ñuñoa. Al no poder realizarse la obra por presupuesto, nuevamente el gobernador Manso de Velasco ordena abrir el canal. Recién en 1772, Martín de Ugareta logró abrir el canal, para ser construido en 1802 por el presidente Muñoz de Guzmán, y ser finalizado en 1821 durante el gobierno de Bernardo O’Higgins.
En esta época se establece el Condado de Quinta Alegre en Ñuñoa. Es un título nobiliario español otorgado por Real Cédula firmada en San Lorenzo de El Escorial el 22 de octubre de 1763 al español Juan de Alcalde y Gutiérrez. La denominación de este título se refiere a la chacra que poseía titular, llamada Quinta Alegre, centro de reunión para los realistas usado durante el período de reconquista española (cercano a los Tajamares).
En la parroquia de Ñuñoa existía un altar a San Saturnino (patrono de terremotos y temblores y se tenía un dedo de santo). La parroquia era un centro de poder económico, debido a las limosnas y censos que ahí se daban.
Ñuñoa era parte del partido de Santiago, cuya cabeza era el corregidor de Santiago y el
Cabildo.
Fuentes y Bibliografía